MiSeq System

MiSeq System på Institutionen för molekylärbiologi.

BildMattias Pettersson

Om MiSeq System

MiSeq System från Illumina är en sekvenseringsplattform för exempelvis bakteriell helgenomsekvensering eller RNAseq. Den använder Illuminas SBS-kemi som säkerställer hög datakvalitet. Denna patenterade metod baserad på reversibla terminatorer möjliggör massiv parallell sekvensering av miljarder DNA-fragment, genom att avläsa enstaka baser när de inkorporeras i DNA. Fluorescerande terminatorer läses av när varje dNTP inkorporeras för att sedan klyvas för att möjliggöra inkorporering av nästa bas. Med alla fyra reversibla, terminatorbundna dNTPs minimeras inkorporeringsbias. Avläsning sker vid varje cykel, vilket kraftigt minskar risken för sekvenskontextspecifika fel, även inom repetitiva sekvensregioner eller homopolymerer.

MiSeq System har en enkel och lättanvänd instrumentkontrollmjukvara, ett intuitivt pekskärmsgränssnitt, plug-and-play reagenspatroner med RFID-spårning, skärmbaserade videotutorials och steg-för-steg-vägledning genom varje sekvenseringsarbetsflöde.

MiSeq System har ett intuitivt pekskärmsgränssnitt.

BildMattias Pettersson

Systemet inkluderar dataanalys och tillgång till BaseSpace™ Sequence Hub – Illuminas genomiska analysplattform – som tillhandahåller realtidsuppladdning av data, enkla dataanalysverktyg, internetbaserad körningsövervakning och en säker, skalbar lagringslösning. BaseSpace möjliggör även snabb och enkel datadelning.

Användare producerar sina egna bibliotek för sekvensering, antingen med olika kommersiellt tillgängliga kit eller egna modifierade protokoll. MiSeq System bearbetar en flödescells innehållande en lane, med körtider från 8 timmar (50 bp single-end read) till cirka 48 timmar (300 bp paired-end read). Den enkla flödescellen kan generera upp till 25 miljoner sekvenseringsläsningar per lane (V3-kit). Läsningslängder varierar från 50 bp single-end till 300 bp pair-end (600 bp).

För information om experimentell design, biblioteksberedningskit och sekvenseringskit, kontakta Illumina (www.illumina.com).

Tjänster och erbjudanden

MiSeq System tillhandahåller en omfattande DNA-till-data-sekvenseringsplattform som integrerar klustergenerering, amplifikation, sekvensering och dataanalys i ett enda instrument.

Fördelar:

• Hög datakvalitet: Högkvalitativ data som publicerats i åtskilliga vetenskapliga uppsatser.
• Enkel, intuitiv arbetsflöde: Mycket automatiserat system med ett lättanvänt instrumentgränssnitt.
• Snabb process: Snabb sekvensering och variantdetektion.
• Varierbara applikationer: Justerbar läsningslängd och flödescellsalternativ ger ultimata flexibilitet över ett brett spektrum av applikationer.

Viktiga applikationer:

• Sekvensering av små genom
• Target-gene sekvensering
• 16S metagenomisk sekvensering
• Genuttrycksanalys med RNA-Seq
• Riktade genpaneler
• De Novo-sekvensering
• miRNA och små RNA-analyser
• Genotypning
• DNA-proteininteraktionsanalys med ChIP-Seq
• Kvalitetskontroll

För mer information, besök illumina.com/systems/sequencing-platforms/miseq.

OBS: Vi assisterar inte med experimentell design, biblioteksberedning eller analys. Kontakta Illumina för sådana ärenden.

Allmänna policyer och regler

ALLMÄNNA POLICYER OCH REGLER

1. Boka systemet genom Artologik EZBooking (https://ez.artologik.net/umu-molbiol/fedauth/). Notera: 1 dag är den minsta bokningsperioden (morgon till morgon), och det är inte tillåtet att boka mer än 1 vecka åt gången.
2. Före första användningen krävs en obligatorisk utbildningssession. Kontakta ansvarig personal.
3. Det rekommenderas att starta om systemet före en körning (Windows > starta om).
4. För förberedelse i LRM (Local Run Manager), använd ditt LRM-konto. Ansvarig personal skapar kontot första gången.
5. Vid inställning av körningen, använd ditt eget BaseSpace-konto för att lagra/automatiskt ladda upp den genererade datan. BaseSpace-konton kan skapas på Illumina (https://accounts.illumina.com/?ReturnUrl=https%3A%2F%2Fbasespace.illumina.com).
6. Det är obligatoriskt att skriva in sig i MiSeq-loggboken. Notera: Fyll i användare, lab, datum, starttid, sluttid, metod och reagenspatronkod.
7. Efter en körning ansvarar användaren för att avfallshanteringen sker enligt universitetets regler.
8. Viktigt: utför en efterkörningstvätt vid slutet av din körning (se användarhandbok). Ta inte bort flödescellen eller töm tvättbrickan eller tvättflaskan. Detta steg är grundläggande för att förhindra kontaminering mellan experiment och för att förlänga systemets livslängd.
9. Stäng aldrig av systemet.
10. MiSeq har begränsad lagringskapacitet; därför måste alla körningar sparas automatiskt i ditt BaseSpace-konto eller någon annanstans. Data lagrad på MiSeq kommer så småningom att raderas.

Serviceavgifter

SERVICEAVGIFTER

Hel dag: 650,00 SEK* (Minsta bokningsperiod är 24 timmar, morgon till morgon)

Rabatter för frekventa användare inom en 3-månadersperiod:

1. <10 bokningsdagar/3 månader: ingen rabatt
2. 10-20 bokningsdagar/3 månader: 15% rabatt
3. 20 bokningsdagar/3 månader: 30% rabatt

*Avbokningspolicy: Hela avgiften debiteras om bokningen inte avbokas 24 timmar före användning.

Tillgänglighet

Tillgänglig för forskargrupper vid Umeå universitet. Externa laboratorier kan eventuellt också använda systemet i mån av tid (kontakta RI-direktören).

Plats: Institutionen för molekylärbiologi, rum 6K-11
Bokningssystem: Artologik EZbooking

Obligatorisk utbildning före första användning.